La fauna es variada, si bien la observación directa puede estar dificultada por las condiciones del terreno. En la reserva se encuentran zorros grises (Lycalopex gymnocercus), peludos (Chaetophractus villosus), zorrinos (Mephitidae), gatos monteses (Leopardus geoffroyi), coipos (Myocastor coypus), cuises (Microcavia australis) , hurones (Mustela putorius furo) y comadrejas (Didelphis albiventris), además de ofidios como la ñacaniná (Hydrodynastes gigas) y víboras como la cascabel (Crotalus durissus), la yarará (Bothrops alternatus) y la de coral (Micrurus altirostris), reptiles y batracios.
La reserva es de gran importancia ornitológica, ya que protege el único ambiente en estado silvestre dentro de una región completa e intensamente dedicada a la actividad agropecuaria. Entre las aves que encuentran su hábitat en la zona se encuentran el ñandú (Rhea americana), el tachurí coludo (Culicivora caudacuta) el doradito pardo ([[Pseudocolopteryx dinelliana]]), el copetón (Pseudocolopteryx sclateri) y el común (Pseudocolopteryx flaviventris), el capuchino garganta café (Sporophila ruficollis) y el canela (Sporophila hypoxantha).
La reserva presenta 8 endemismos entre las especies de aves registradas: garza amarilla (Syrigma sibilatrix), halcón plomizo (Falco femoralis), lechucita vizcachera (Speotyto cunicularia), tachurí canela (Polystictus pectoralis), golondrina cabeza rojiza (Alopochelidon fucata), cachirla de uña corta (Anthus furcatus), el ya mencionado capuchino garganta café (Sporophila ruficollis) y el verdón (Embernagra platensis).
Una publicación destinada a observadores de aves informó acerca de registros de inambú o perdiz común (Nothura maculosa), más de un centenar de especies de aves pequeñas, principalmente de las familias Tyrannidae y Furnariidae, llamativos Gruiformes y colonias de cuervillo de cañada (Plegadis chihi), garza blanca (Ardea alba) y garceta nívea (Egretta thula).